Я не уверен, почему мне было так сложно найти это, но где, ох где, фон рабочего стола хранится в перемещаемом профиле в Windows Server 2008 R2?
У вас перенаправлены данные приложения? Попробуйте% appdata% \ Microsoft \ Windows \ Themes \ TranscodedWallpaper.jpg