Производительность Linux / Apache очень низкая даже в локальной сети

У меня есть сервер Ubuntu с Apache и MYSQL. Информация о системе и версии выглядит следующим образом: ядро ​​Linux 3.0.0.-12 Apache / 2.2.20 MySQL Ver 14.14.Distrib 5.1.58

У меня есть несколько веб-сайтов на этом сервере, некоторые только HTML, некоторые PHP / MySQL. [Проблема в том, что время отклика очень медленное, как на статических, так и на динамических сайтах. Иногда на получение ответа уходит более 10 секунд, что делает сайты очень медленными и почти непригодными для использования.
Проблема возникает даже при запросе из локальной сети. Я добавил задействованные поддомены в свой файл / etc / hosts, и устраню все проблемы, которые не решаются с помощью IP-адресов вместо URL-адресов. Таким образом, нет проблем с поиском DNS.
Я изменил формат журнала, указав время отклика, и иногда для обслуживания файлов требуется 12 секунд, см. Файл jquery ~ .js на снимке экрана примера.
У меня нет объяснения такому чрезвычайно долгому времени отклика, но это даже не единственная проблема, некоторые другие файлы тоже обслуживаются долго, но не показывают долгое время отклика в файле журнала.
Так что, вероятно, здесь задействованы разные ткани. Я не могу найти решение до сих пор, есть предложения ??? Спасибо заранее, Клаас

ссылка на снимок экрана из файла журнала доступа

Некоторая дополнительная информация о конфигурации:

apache2.conf (комментарий удален)

LockFile ${APACHE_LOCK_DIR}/accept.lock
PidFile ${APACHE_PID_FILE}
Timeout 300
KeepAlive On
MaxKeepAliveRequests 100
KeepAliveTimeout 5
<IfModule mpm_prefork_module>
    StartServers          5
    MinSpareServers       5
    MaxSpareServers      10
    MaxClients          150
    MaxRequestsPerChild   0
</IfModule>

<IfModule mpm_worker_module>
    StartServers          2
    MinSpareThreads      25
    MaxSpareThreads      75 
    ThreadLimit          64
    ThreadsPerChild      25
    MaxClients          150
    MaxRequestsPerChild   0
</IfModule>

<IfModule mpm_event_module>
    StartServers          2
    MinSpareThreads      25
    MaxSpareThreads      75 
    ThreadLimit          64
    ThreadsPerChild      25
    MaxClients          150
    MaxRequestsPerChild   0
</IfModule>

User ${APACHE_RUN_USER}
Group ${APACHE_RUN_GROUP}

AccessFileName .htaccess

<Files ~ "^\.ht">
    Order allow,deny
    Deny from all
    Satisfy all
</Files>

DefaultType text/plain
HostnameLookups Off

ErrorLog ${APACHE_LOG_DIR}/error.log
LogLevel warn

Include mods-enabled/*.load
Include mods-enabled/*.conf
Include httpd.conf
Include ports.conf
LogFormat "%v:%p %h %l %u %t \"%r\" %>s %O \"%{Referer}i\" \"%{User-Agent}i\"" vhost_combined
LogFormat "%h %l %u %t \"%r\" %>s %O \"%{Referer}i\" \"%{User-Agent}i\" %T/%D" combined
LogFormat "%h %l %u %t \"%r\" %>s %O" common
LogFormat "%{Referer}i -> %U" referer
LogFormat "%{User-agent}i" agent
Include conf.d/
Include sites-enabled/

И виртуальный хост-файл для одного из медленных сайтов, на самом деле, довольно прост ...

<VirtualHost *:80>
    ServerAdmin blablabla@gmail.com
        ServerSignature EMail
        ServerName toenjoy.drsklaus.nl
    DocumentRoot /var/www/toenjoy.drsklaus.nl
    <Directory />
        Options FollowSymLinks
        AllowOverride None
    </Directory>
    <Directory /var/www/toenjoy.drsklaus.nl/>
        Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
        AllowOverride AuthConfig
                AuthType Basic
                AuthName "To Enjoy"
                AuthUserFile /etc/.htpasswd
                Require user petraaa
        Order allow,deny
        allow from all
    </Directory>

    ScriptAlias /cgi-bin/ /usr/lib/cgi-bin/
    <Directory "/usr/lib/cgi-bin">
        AllowOverride None
        Options +ExecCGI -MultiViews +SymLinksIfOwnerMatch
        Order allow,deny
        Allow from all
    </Directory>

    ErrorLog /var/log/apache2/error.log

    # Possible values include: debug, info, notice, warn, error, crit,
    # alert, emerg.
    LogLevel warn
    CustomLog /var/log/apache2/access.log combined

    Alias /doc/ "/usr/share/doc/"
    <Directory "/usr/share/doc/">
        Options Indexes MultiViews FollowSymLinks
        AllowOverride None
        Order deny,allow
        Deny from all
        Allow from 127.0.0.0/255.0.0.0 ::1/128
    </Directory>
</VirtualHost>

И вывод free -m:

klaas@ubuntu-server:/etc/apache2$ free -m
             total       used       free     shared    buffers     cached
Mem:          1997       1401        595          0        144       1017
-/+ buffers/cache:        238       1758
Swap:         2035          0       2035

и у меня нет никаких указаний на то, что свопинг происходит в моменты, когда сайт работает медленно. Я забежал на вершину, и это не похоже на проблему с процессором. У меня сложилось впечатление, что создание потока apache могло быть узким местом, но это всего лишь предложение. Может быть, это дает дополнительную информацию!

РЕДАКТИРОВАТЬ: проблема, казалось, исчезла в течение некоторого времени, но возникает снова! И не только с Apache, подключение с помощью SSH занимает очень много времени, иногда до запроса ключевой фразы может пройти до 15 секунд. Также scp работает очень медленно. Поведение действительно непредсказуемо и делает сервер очень сложным в использовании. Любые идеи...?