Все мои таблицы в базе данных создаются после того, как я включил опцию «innodb_file_per_table», поэтому я не понимаю, почему ibdata1 все еще время от времени растет, даже с очень низкой скоростью.
Когда вы используете file_per_table, это не означает, что ibdata * вообще не используется. По-прежнему будут храниться «метаданные» для всех ваших таблиц InnoDB ... В другие файлы попадают только сами данные.
У меня есть полное решение, как навсегда очистить вашу инфраструктуру innodb !!!