Я пишу собственное приложение, которое будет запускаться как служба / демон. По соглашению, бинарные файлы для него должны быть в /opt/appname. Однако куда мне положить такие файлы, как:
Если вы используете /opt/<appname> для вашего приложения файлы конфигурации идут в /etc/opt, а остальное идет под /var/opt.
Взгляните на Стандарт иерархии файловой системы который вы бы сказали вам, что хотите знать.
В идеале вам все равно, где оно установлено, и вы можете настроить приложение во время сборки или установки. Если, например, вы создаете приложение, которое будет работать в Debian, вы можете создать пакет .deb и полностью пропустить этот вопрос.