Я настраиваю локальную базу данных для аннотации генов, следуя инструкциям на эта страница. Они предоставляют файл .sql для создания некоторых структур таблиц MySQL (шаг 4) и несколько файлов данных для заполнения таблиц (шаги 5-7). Я завершил процесс установки на шаге 5, но на шаге 6 появляются ошибки. Что меня беспокоит, так это то, что получаемая мной ошибка зависит от того, в каком каталоге я выполняю mysqlimport команда из.
standage@farnsworth:~$ mysqlimport -u wendel2go -p --fields-terminated-by='\t' b2g Desktop/gene2accession
Enter password:
mysqlimport: Error: 13, Can't get stat of '/var/lib/mysql/Desktop/gene2accession' (Errcode: 2), when using table: gene2accession
standage@farnsworth:~$ cd Desktop/
standage@farnsworth:~/Desktop$ mysqlimport -u wendel2go -p --fields-terminated-by='\t' b2g gene2accession
Enter password:
mysqlimport: Error: 29, File '/var/lib/mysql/b2g/gene2accession' not found (Errcode: 2), when using table: gene2accession
Я не получаю очень информативных результатов при поиске в Google этой ошибки. Любые идеи?
Обновить: Я по-прежнему получаю сообщение об ошибке, когда использую полный путь к файлу, но файл, который не найден, теперь отличается.
standage@farnsworth:~$ mysqlimport -u root -p --fields-terminated-by='\t' b2g /home/standage/Desktop/gene2accession
Enter password:
mysqlimport: Error: 29, File '/home/standage/Desktop/gene2accession' not found (Errcode: 13), when using table: gene2accession
standage@farnsworth:~$ list /home/standage/Desktop/gene2accession
-rw-r--r-- 1 standage standage 1.6G 2010-12-01 14:31 /home/standage/Desktop/gene2accession
Файл существует, и это не проблема с разрешениями.
Попробуйте указать полный путь к файлу:
mysqlimport -u wendel2go -p --fields-terminated-by='\t' b2g /home/username/Desktop/gene2accession
Замените "username" своим именем пользователя.