У меня есть хост Apache под /var/www/html и я поместил несколько небольших сценариев развертывания git в /var/www каталог для простоты. Является www общая папка? Насколько безопасно хранить там скрипты? Если да, то есть ли риски? Если нет, то какой каталог рекомендуется?
Это сервер Ubuntu 14.04.
Если вы настроили свои vhosts для использования подкаталогов внутри /var/www/html это так же безопасно, как и хранить файлы htpasswd в /var/www - никто, использующий http, не сможет их прочитать.
Более распространенный способ - объединить сценарии в папку Webapps, поскольку сценарии оболочки обычно не должны содержать конфиденциальную информацию.