С IPv4 рекомендуемый тип vhosts основан на именах, поскольку вам нужен только один IPv4-адрес. Vhosts на основе IP следует использовать только в том случае, если на основе имени не работает (например, из-за TLS)
С IPv6 нет необходимости сохранять адреса. Не лучше ли использовать виртуальные хосты на основе IP вместо виртуальных хостов на основе имен? Что может быть причиной использования виртуального хоста на основе имен с IPv6?
На основе имени проще, потому что вам не нужно настраивать конфигурацию сети для каждого веб-сайта, который вы размещаете. На основе адреса хорошо, потому что каждый веб-сайт, который вы размещаете, легче идентифицировать, например политики брандмауэра, управление и мониторинг трафика, предотвращение DDOS и т. д.
Лучший выбор больше зависит от ваших личных предпочтений, доступных инструментов управления и других обстоятельств, чем от чего-либо еще.