Иногда, когда я вставляю что-то в Putty, он запускает их автоматически. В других случаях он ждет, пока я его введу, прежде чем запустить команду. Почему неустойчивое поведение?
В первом случае вы вставляете команду с новой строкой, которая отправляется на терминал и эквивалентна ENTER.
Во втором случае вы скопировали и вставили команду без новой строки, поэтому она ждет, пока ENTER запустит команду.
Я бы предположил, что иногда в буфер обмена копируется перевод строки. Чтобы проверить, так ли это, попробуйте запустить clipbrd.exe или просто вставив содержимое в ваш любимый редактор с отображением управляющих символов.