Есть ли шанс пропустить known_hosts чек без очистки known_hosts или отключить его в ssh.conf? У меня нет доступа к known_hosts ни ssh.conf все же. Не найти подходящего в man.
scp должен принимать те же параметры командной строки, что и ssh, пытаться:
-o StrictHostKeyChecking=no -o UserKnownHostsFile=/dev/null
Может добавить -q для отключения предупреждений.
Для тех из нас, кто менее разбирается в сокращении Linux, полный синтаксис будет выглядеть примерно так:
scp -o StrictHostKeyChecking=no -o UserKnownHostsFile=/dev/null -r $source $user@$host:$destination