Я пытаюсь перенести свой проект на докер и использую альпийский вариант. Это проект django с базой данных postgres
Вот как я устанавливаю зависимости:
...
ADD ./requirements.txt /srv/sites/mysite/requirements.txt
RUN echo "http://mirror.leaseweb.com/alpine/edge/testing" >>
/etc/apk/repositories
RUN apk add --no-cache --virtual .build-deps \
build-base postgresql-dev libffi-dev gcc libc-dev linux-headers bash \
geos geos-dev jpeg-dev zlib-dev \
&& pip install -r requirements.txt \
&& find /usr/local \
\( -type d -a -name test -o -name tests \) \
-o \( -type f -a -name '*.pyc' -o -name '*.pyo' \) \
-exec rm -rf '{}' + \
&& runDeps="$( \
scanelf --needed --nobanner --recursive /usr/local \
| awk '{ gsub(/,/, "\nso:", $2); print "so:" $2 }' \
| sort -u \
| xargs -r apk info --installed \
| sort -u \
)" \
&& apk add --virtual .rundeps $runDeps \
&& apk del .build-deps
...
geos geos-dev являются зависимостью Шапли. все идет нормально, пока я не попытаюсь запустить веб-сервер, так как я тестирую, я просто использую runserver командовать в docker-compose и это приводит к
web_1_ba4690531efe | Traceback (most recent call last):
web_1_ba4690531efe | File "/srv/sites/mysite/manage.py", line 10, in <module>
web_1_ba4690531efe | execute_from_command_line(sys.argv)
web_1_ba4690531efe | File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/django/core/management/__init__.py", line 364, in execute_from_command_line
web_1_ba4690531efe | utility.execute()
web_1_ba4690531efe | File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/django/core/management/__init__.py", line 338, in execute
web_1_ba4690531efe | django.setup()
web_1_ba4690531efe | File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/django/__init__.py", line 27, in setup
web_1_ba4690531efe | apps.populate(settings.INSTALLED_APPS)
web_1_ba4690531efe | File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/django/apps/registry.py", line 108, in populate
web_1_ba4690531efe | app_config.import_models()
web_1_ba4690531efe | File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/django/apps/config.py", line 202, in import_models
web_1_ba4690531efe | self.models_module = import_module(models_module_name)
web_1_ba4690531efe | File "/usr/local/lib/python3.6/importlib/__init__.py", line 126, in import_module
web_1_ba4690531efe | return _bootstrap._gcd_import(name[level:], package, level)
web_1_ba4690531efe | File "<frozen importlib._bootstrap>", line 994, in _gcd_import
web_1_ba4690531efe | File "<frozen importlib._bootstrap>", line 971, in _find_and_load
web_1_ba4690531efe | File "<frozen importlib._bootstrap>", line 955, in _find_and_load_unlocked
web_1_ba4690531efe | File "<frozen importlib._bootstrap>", line 665, in _load_unlocked
web_1_ba4690531efe | File "<frozen importlib._bootstrap_external>", line 678, in exec_module
web_1_ba4690531efe | File "<frozen importlib._bootstrap>", line 219, in _call_with_frames_removed
web_1_ba4690531efe | File "/srv/sites/mysite/utils/models.py", line 5, in <module>
web_1_ba4690531efe | from utils.common_models import AbstractDetailedPerson, AbstractTimeStamped
web_1_ba4690531efe | File "/srv/sites/mysite/utils/common_models.py", line 5, in <module>
web_1_ba4690531efe | from utils.functions import national_id_validator
web_1_ba4690531efe | File "/srv/sites/mysite/utils/functions.py", line 16, in <module>
web_1_ba4690531efe | from shapely.geometry import Polygon, Point
web_1_ba4690531efe | File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/shapely/geometry/__init__.py", line 4, in <module>
web_1_ba4690531efe | from .base import CAP_STYLE, JOIN_STYLE
web_1_ba4690531efe | File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/shapely/geometry/base.py", line 17, in <module>
web_1_ba4690531efe | from shapely.coords import CoordinateSequence
web_1_ba4690531efe | File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/shapely/coords.py", line 8, in <module>
web_1_ba4690531efe | from shapely.geos import lgeos
web_1_ba4690531efe | File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/shapely/geos.py", line 76, in <module>
web_1_ba4690531efe | free = load_dll('c').free
web_1_ba4690531efe | File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/shapely/geos.py", line 56, in load_dll
web_1_ba4690531efe | libname, fallbacks or []))
web_1_ba4690531efe | OSError: Could not find lib c or load any of its variants [].
Теперь я предполагаю, что либо я удалил некоторые зависимости, либо мне нужно установить другие библиотеки. Поиграл в Google, и, видимо, мне нужно установить sudo apt-get install libgeos-c1 но я не могу найти alpine/apk эквивалент
Я боролся с той же проблемой (хотя не работал с базой данных Django и PostGres).
Наконец мне удалось решить эту проблему с помощью раствора Амира. Я добавил репозитории с dl-cdn.alpinelinux.org согласно https://github.com/appually/docker-postgis/blob/master/Dockerfile.alpine.template. Важнейшей частью был запуск geos-config после реализации geos-dev и geos. После этого я установил модули python, включая pandas. В разделе очистки .build-deps пропускается, как сказано.
Это часть моего Dockerfile, которая сработала:
...
RUN apk --update add build-base libxslt-dev
RUN apk add --virtual .build-deps \
--repository http://dl-cdn.alpinelinux.org/alpine/edge/testing \
--repository http://dl-cdn.alpinelinux.org/alpine/edge/main \
gcc libc-dev geos-dev geos && \
runDeps="$(scanelf --needed --nobanner --recursive /usr/local \
| awk '{ gsub(/,/, "\nso:", $2); print "so:" $2 }' \
| xargs -r apk info --installed \
| sort -u)" && \
apk add --virtual .rundeps $runDeps
RUN geos-config --cflags
RUN pip install --disable-pip-version-check -r requirements.txt
RUN apk del build-base python3-dev && \
rm -rf /var/cache/apk/*
...
Кстати, я тоже пробовал решение, представленное на https://github.com/calendar42/docker-python-geos/blob/master/Dockerfile. Но у меня не вышло.
Я столкнулся с той же проблемой и решил ее, установив gcc с помощью apk add gcc.
Если присмотреться, проблема вызвана эта ошибка в альпийском изображении.
Возможный (довольно хакерский) обходной путь (помимо установки gcc, который довольно тяжелый) - это исправить файл /sbin/ldconfig заменив первую строку на
#!/bin/sh
if [ "$1" = "-p" ]; then
# Hack to mimic GNU ldconfig s -p option, needed by ctypes, used by shapely
echo " libc.musl-x86_64.so.1 (libc6,x86-64) => /lib/libc.musl-x86_64.so.1"
exit 0
fi
Похоже, сейчас geos в alpine 3.11, пробую
FROM lsiobase/alpine:3.11
похоже работает на меня