Я установил PHP 5.6 из PPA http://ppa.launchpad.net/ondrej/php/ubuntu.
Все пакеты называются php5.6-независимо.
В этом PPA нет php5.6-pear.
Как установить php5.6-pear?
У меня такая же проблема. Установка пакета php5.6-dev и настройка двоичных файлов php по умолчанию, как описано в https://github.com/oerdnj/deb.sury.org/wiki/PECL-Installation сделал это для меня:
apt-get install php5.6-dev
update-alternatives --set php /usr/bin/php5.6
update-alternatives --set php-config /usr/bin/php-config5.6
update-alternatives --set phpize /usr/bin/phpize5.6
Тогда все будет работать как положено:
pecl channel-update pecl.php.net
Updating channel "pecl.php.net"
Update of Channel "pecl.php.net" succeeded