Я размещаю разные сайты на одном и том же сервере Linux (экземпляр AWS EC2), я хотел бы установить для этих сайтов разные ограничения с помощью конкретной конфигурации виртуального хоста. Это возможно?
Нет. Если вы обратитесь к документации на префорк MPM (2.4 документа здесь), вы увидите, что «контекст» всех директив конфигурации имеет область «конфигурации сервера». Это означает, что они не могут быть определены на уровне VirtualHost.
MPM - не лучшее место, где можно попытаться реализовать ограничения ресурсов для чего-либо, кроме самого основного процесса. Вам, вероятно, следует изучить модули, предназначенные для регулирования виртуальных хостов.