Представьте, у меня есть файл remote/A который синхронизируется с local/A и local/B это жесткая ссылка local/A. Есть ли угроза, что в следующий раз remote/A изменение и синхронизация rsync не будет удалять local/A но только заменить / добавить к нему часть, тем самым изменив local/B (из-за жесткой ссылки)?
Со стандартными опциями, rsync скопирует новый файл, присвоив ему полуслучайное имя, а затем переименует новый файл с исходным именем. В этом процессе в исходный файл не производятся записи, сохраняются связанные с ним ссылки.
С другой стороны, используя нестандартный--inplace вариант воля перезаписать исходный файл и его жесткие ссылки.
В любом случае, я настоятельно рекомендую взглянуть на --link-dest опция, которая чрезвычайно полезна для дедуплицированных резервных копий.