Если я включу innodb_file_per_table (в настоящее время не активен), уничтожит ли он мои существующие таблицы?
Нет, но вам нужно будет сделать дамп sql и повторно загрузить или, в качестве альтернативы, оптимизировать таблицу, прежде чем существующие таблицы будут перемещены в свои собственные файлы.
Конечно, как и в случае с любыми крупными архитектурными изменениями, перед внесением изменений обязательно сделайте хорошую резервную копию.
Даже когда вы переключаетесь на innodb_file_per_table, таблицы InnoDB, находящиеся внутри ibdata1, должны быть извлечены из ibdata1. К сожалению, вы не можете вернуть это место обратно.
Вы должны капитальный ремонт инфраструктуры InnoDB чтобы innodb_file_per_table работал на вас. @BMDan уже упоминал об этом в своем комментарии.