Если есть разные конфигурации для одного и того же параметра в обоих conf/httpd.conf и /conf.d/* файл, который будет иметь приоритет?
Я не могу найти это прямо заявлено ни в одной официальной документации.
Его нет в официальной документации, потому что он зависит от конфигурации. Если вы посмотрите на conf/httpd.conf вы заметите Include директива, которая включает файлы в conf.d/*
Полученная конфигурация - это то, что находится в httpd.conf с содержанием каждого файла в conf.d (в алфавитном порядке) добавлено, где Include директива есть.