Контроллер распознает это, сохраняя на нем данные? или начинает восстанавливать рейд как на новый диск?
Зависит от прошивки карты RAID. Как правило, для не слишком старых прошивок он распознает диск как уже часть массива и не восстанавливает его. Дело в том, что метаданные хранятся на диске с информацией о массиве. Он хранится на всех дисках. Таким образом, если диск исправен и был просто удален и подключен обратно, метаданные не повреждены, и они будут сравниваться с метаданными на других дисках, после чего они будут просто объединены в массив.
Фактически, один из недокументированных вариантов временного восстановления вышедшего из строя диска - это его горячая замена. Проделал это несколько раз на массивах RAID1 с обоими дисками, которые вышли из строя - сэкономили много времени и суеты.
В общем - да, рейд-контроллер обнаружит дважды измененную топологию и должен начать процесс восстановления. В метаданных рейда также будет указано, что содержание рейда изменилось (если оно изменилось).