Я сейчас использую флаг -D var_name для запуска apache на определенных машинах, чтобы я мог использовать условный блок apache <IfDefine !var_name> применять определенные директивы apache.
Есть ли способ проверить эти параметры apache в PHP?
Нет - чтобы иметь доступ к ним внутри, вы, вероятно, захотите настроить его для передачи в переменную среды (которую вы затем можете проверить в PHP):
SetEnv var_name ${var_name}