Интересно, есть ли возможность узнать, какие файлы .conf использует apache во время выполнения? Может быть, какая-то переменная среды, так как она должна работать как в Windows, так и в Linux. Или функция php?
Если ты бежишь
/usr/sbin/apachectl -V
ты увидишь
-D HTTPD_ROOT="/etc/httpd"
и
-D SERVER_CONFIG_FILE="conf/httpd.conf"
которые в сочетании сообщат вам местоположение по умолчанию для файла конфигурации на машине unix.
Для windows нет apachectl, но это размещение указывает, что нечто подобное может быть возможно при непосредственном вызове исполняемого файла apache с соответствующими аргументами.
Во время выполнения - никак. Я бы побежал
strace httpd | grep conf
(замените httpd двоичным файлом mpm, который вы используете, например httpd.worker или просто httpd)