Безопасно ли запускать «aptitude full-upgrade» на новом сервере?

Конечно, это безопасно; Каковы риски? Если сервер новый, у вас нет данных, которые можно потерять, и никаких услуг, к которым можно было бы пожаловаться.

Из справочной страницы aptitude:

полное обновление

Обновляет установленные пакеты до последней версии, удаляя или устанавливая пакеты по мере необходимости. Эта команда менее консервативна, чем safe-upgrade и, следовательно, с большей вероятностью совершат нежелательные действия. Однако он может обновлять пакеты, которые safe-upgrade не может обновиться.

Заметка
Эта команда изначально называлась dist-upgrade по историческим причинам, а способности до сих пор признают dist-upgrade как синоним полного обновления.

В общем нормально. Разница между apt и aptitude в алгоритме решателей зависимостей. В конце концов вы можете ожидать, что apt-get будет заменен снизу на aptitude, когда он улучшится до такой степени, что в каждом случае он будет лучше, чем apt-get.