Я собираюсь заказать сертификат, и в форме заказа меня спросят, какую серверную платформу (например, Apache + mod_ssl) я использую. Неважно, что я выберу, не так ли?
Они не зависят от платформы, но есть разные способы упаковки сертификата. См. Раздел расширений файлов сертификатов на этой странице. http://en.wikipedia.org/wiki/X.509
Вы можете конвертировать между этими форматами самостоятельно, но провайдеры SSL любят делать это за вас и предоставлять нужный вам формат. Вот почему они спрашивают вас, какова ваша целевая платформа. Я знаю, что с помощью GoDaddy вы можете загрузить свой сертификат в любом формате на лету после его выпуска. Я не уверен, что другие SSL CA делают это таким образом.
Они могут предоставить его в более удобной форме для некоторых платформ (например, Microsoft), но да, они принципиально независимы от платформы.