Есть ли способ зарегистрировать сервер на вашей CMS и использовать SQL-аутентификацию?
Нет, вы не можете использовать аутентификацию SQL с CMS. Только проверка подлинности Windows. Он не хранит никаких аутентификационных данных внутри CMS - это только список зарегистрированных серверов.
Когда вы регистрируете свою CMS, появляется выпадающий список с аутентификацией. Измените это на проверку подлинности SQL Server (если я правильно вас понимаю)