Как можно по умолчанию использовать INNODB для каждой таблицы, которую нужно создать в будущем?
Уточнить default_table_type в my.cnf в качестве таких:
default_table_type = INNODB
Как ни странно, это может не быть задокументировано в документации MySQL. Я давно использую этот вариант конфигурации и снова проверил его работоспособность после того, как не смог найти официальные справочные материалы.
... не забудьте также посмотреть на innodb_file_per_table, по умолчанию он равен 0 и создаст все ваши таблицы в одном огромном файле данных, который никогда не будет уменьшаться в размере, только вверх (даже если вы удалите данные - это их дизайн). Только имея ваши таблицы InnoDB в отдельных файлах, вы можете уменьшить их размеры с помощью «оптимизации таблицы» и т.п.