Можно ли установить дисковую квоту для пользователя диспетчера IIS?
Нет извините.
Или: квоты не обрабатываются в IIS. В зависимости от настроек хранилища вы можете настроить его в диспетчере ресурсов файловых служб и ограничить общий доступ к диску. Я говорю в зависимости, потому что известно, что это не работает - репликация;)