Если ожидается, что переменная будет извлекаться каждую минуту, а этого не происходит, на графике отображается последнее известное значение за весь период времени до следующего известного значения.
Для меня ожидаемое поведение состоит в том, что на графике не отображается линия или линия рядом с нулем, где нет данных.
Как этого добиться с помощью Zabbix?
Это зависит от интервала и типа элемента. Если это предмет-зверолов, то сейчас это сделать нельзя. Если это "нормальный" элемент с интервалом поиска, Zabbix покажет пустую область, когда будет отсутствовать достаточное количество значений.