В основном то, что я ищу, - это способ сообщить mysql (со вкусом percona), чтобы он предпринял следующие шаги:
Решение, которое позволяет операторам DDL нарушать резервное копирование, является приемлемым (поскольку это решение резервного копирования будет применяться часто, а операторы DDL будут очень редко - в худшем случае придется откатить базу данных на час больше, чем ожидалось).
Операции резервного копирования должны минимально снижать производительность, но это не система с большой нагрузкой. Оба решения, которые выполняют эту процедуру для каждой базы данных или для всей системы, хороши, хотя последнее в некоторой степени предпочтительнее.
Если все ваши базы данных находятся в формате InnoDB, вам не нужно этого делать. InnoDB автоматически сделает ваши данные согласованными при запуске, если вы выполните восстановление.