В Документация по Elastic Beanstalk говорит:
Вы можете использовать клавишу command для выполнения команд в экземпляре EC2. Команды обрабатываются в алфавитном порядке по имени, и они выполняются до настройки приложения и веб-сервера и извлечения файла версии приложения.
Должен ли я понимать, что это запускается только при первой настройке сервера, и не на дальнейших развертываниях?
Команды в конфигурации .ebextensions выполняются на каждое развертывание. Например, вы можете остановить службу Windows, переустановить ее и снова запустить после каждого развертывания (одной командой с пакетным файлом или тремя отдельными командами).