Смотря на http://www.unixodbc.org/odbcinst.html похоже, что это опция только для компиляции.
Из Руководства администратора (doc / AdministratorManual / index.html):
Расположение файлов конфигурации системы можно изменить, установив переменную среды ODBCSYSINI во время выполнения.
Итак, это должно работать:
ODBCSYSINI=$HOME isql ...
Или добавьте строку
export ODBCSYSINI=$HOME
в ваш .bash_profile
Обратите внимание, что файл odbc.ini также будет искать в вашем домашнем каталоге.