Обновление с MySQL 4 до Mysql 5 - тот же my.cnf - множество случайных отключений

Недавно я перешел с MySQL4 на MySQL5 (у нас были приложения, которые требовали MySQL4, который мы наконец заменили)

С тех пор у меня было МНОГО проблем, похожих на:

connect() failed: Lost connection to MySQL server at 'reading initial communication packet', system error: 0 

Да, это системная ошибка 0 - «Успех».

Понятия не имею, почему это происходит, но хочу выяснить, почему

Вот мой (санированный) my.cnf

[client]
port        = 3306
socket      = /var/run/mysqld/mysqld.sock

[mysqld_safe]
socket      = /var/run/mysqld/mysqld.sock
nice        = 0

[mysqld]
user        = mysql
pid-file    = /var/run/mysqld/mysqld.pid
socket      = /var/run/mysqld/mysqld.sock
port        = 3306
basedir     = /usr
datadir     = /var/lib/mysql
tmpdir      = /tmp
language    = /usr/share/mysql/english
skip-external-locking

key_buffer      = 1048M
max_allowed_packet  = 16M
thread_stack = 2M
thread_cache_size   = 16384
sort_buffer_size    = 256K
read_buffer_size    = 2M
read_rnd_buffer_size    = 256K
tmp_table_size      = 512M
max_heap_table_size = 512M
query_cache_size    = 512M
thread_concurrency  = 16
set-variable = table_cache=16384
max_connections     = 500

wait_timeout = 3600

innodb_buffer_pool_size = 1024M
innodb_additional_mem_pool_size = 8M
innodb_lock_wait_timeout = 50
innodb_flush_method=O_DIRECT
innodb_log_buffer_size = 8M
innodb_thread_concurrency = 8
innodb_file_per_table=1

query_cache_limit       = 1024M
query_cache_size        = 512M
query_cache_type = 1
server-id       = 9
log_bin         = /var/log/mysql/mysql-bin.log
expire_logs_days    = 10
max_binlog_size         = 100M

expire_logs_days    = 3

skip-bdb

[mysqldump]
quick
quote-names
max_allowed_packet  = 16M

[mysql]
prompt                  = (\u@atlas) [\d]>\\_

[isamchk]
key_buffer      = 16M

!includedir /etc/mysql/conf.d/

РЕДАКТИРОВАТЬ Я изменил my.cnf выше - я только что понял, что это старый сервер! Также - это 5.0, а не 5.1