lsof | grep / var дает мне следующую ошибку
lsof: WARNING: can't stat() fuse.gvfs-fuse-daemon file system /home/user/.gvfs
Output information may be incomplete.
что может быть причиной этого?
Это виртуальная файловая система, используемая gnome. Не все реализует stat() хочет получить, поэтому возвращает ошибку. Вот цитата из списка рассылки Fedora о подобной проблеме:
Проблема в том, что когда пользователь входит в систему, fuse создает резидентную файловую систему в памяти, интерпретируемую пользовательским процессом.
Этот пользовательский процесс не реализует ничего, кроме владельца. Все остальное отвергается. Root не может получить к нему доступ, потому что он не является владельцем, и не может его переопределить, потому что файловая система fuse не реализует / не поддерживает переопределение.