А какой из них лучше для соединения двух Linux машин?
Видеть http://www.linuxfoundation.org/collaborate/workgroups/networking/tunneling#IPIP_tunnels и абзац ниже.
По сути, IPIP может обрабатывать только одноадресную рассылку IPv4, никакой многоадресный трафик и только один туннель для уникальной пары конечных точек туннеля. GRE является более общим, с туннелями до 64k между двумя уникальными конечными точками плюс многоадресный трафик, который важен при туннелировании протоколов маршрутизации.